制冷系统主要为大容量冻干机提供冷冻干燥时所需的温度，通过压缩机对制冷剂的作用，制冷剂的物理状态发生变化，从而吸收外界或释放自身的热量，达到温度控制的效果。
大容量冻干机在使用时须注意下面这些事项'
1、将待冻干的样品在冰箱真空冻干设备中冻好，同时应预先用封口膜或保鲜膜封好瓶口，并扎好小孔。
2、冻干机开机前检查（电源、真空泵等）
（1）真空泵置于地面，与冻干机主机保持一定高度差。防止突发停电产生返油。若发生停电事故，应立即拧开充气阀充气，尽快取出样品。
（2）真空泵油应该定期更换，注意保养和维护。油量通过玻璃窗口来观察，好控制在2/3左右，过多容易出现喷油现象，过少容易出现真空度不足。
3、打开冻干机电源总开关，按“制冷"键，冻干机使用前需要制冷半小时。
4、从冰箱中取出待冻干的样品，放好，盖好有机玻璃盖，检查密封是否良好。然后将不锈钢板压在充气阀上，拔出小管，密封冻干机。
5、按“真空计"键，真空度显示；再按“真空泵"键，真空泵工作。
6、冻干后，先拧上充气阀，使空气缓慢进入，然后关闭真空泵，防止真空泵回油。然后关闭真空计、制冷按钮和主电源。后取下有机玻璃盖，取出样品保存。
7、之后要将大容量冻干机冷阱内的冰块清理掉，方便下次使用。
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